今度は日本全国で最強イレブン探し――「イナズマイレブン 2〜脅威の侵略者〜」

廃部寸前の弱小チームから、さまざまな試練を乗り越え、ついにフットボールフロンティアを制し、日本の頂点に立った雷門イレブン。決勝戦を終えて雷門中に戻ってきた円堂たちが目にしたものは、何者かによって破壊された廃墟のようになった学校だった……